Na terenie Górznieńsko-Lidzbarskiego Parku Krajobrazowego znajdują się dwa obszary objęte siecią ochrony siedlisk Natura 2000: „Ostoja Lidzbarska” oraz „Mszar Płociczno”.
Obszar „Ostoja Lidzbarska” zatwierdzony został w marcu 2009 roku. W październiku 2009 obszar został powiększony. Obecnie jego powierzchnia wynosi 8866,93 ha. Obszar obejmuje duży kompleks leśny z licznymi jeziorami i zagłębieniami bezodpływowymi. Jego północną część stanowią doliny rzeki Górzanki oraz przełomowy odcinek rzeki Brynicy, natomiast południową równinne pola sandrowe. Teren ten charakteryzuje się urozmaiconą rzeźbą ukształtowaną podczas zlodowacenia Wisły. Na uwagę zasługują wzgórza drumlinowe, kompleksy kemowe i ozowe oraz nisze źródliskowe. Liczne są jeziora, m.in. Górzno, Piaseczno, Czarny Bryńsk, Bryńskie Północne i Południowe. W skład kompleksu leśnego wchodzą bory mieszane i świeże oraz lasy liściaste, szczególnie grąd subkontynentalny. Dość duże powierzchnie zajmują olsy, łęgi i zarośla wierzbowe. Mezotroficzne i eutroficzne jeziora śródleśne otoczone są przez zbiorowiska mszysto-turzycowe i szuwarowe. Duże powierzchnie zajmują wilgotne i świeże łąki. Siedliska z Załącznika I Dyrektywy zajmują tu łącznie 50% (23 typy). Z tejże dyrektywy występuje tu także co najmniej 15 gatunków ptaków. Oprócz tego 10 gatunków zwierząt i 7 gatunków roślin z tego obszaru figuruje w Załączniku II Dyrektywy. Ponadto stwierdzono tu dobrze zachowane naturalne zbiorowiska leśne z 140-160-letnimi starodrzewiami łęgowymi i grądowymi oraz 180-letnie sosny. Obszar odznacza się również dużymi walorami krajobrazowymi oraz zasobnością w wody wysokiej klasy czystości. „Ostoja Lidzbarska” w znacznym stopniu stanowi ostoję czerwończyka nieparka Lycaena dispar – gatunku motyla związanego z siedliskami hydrogenicznymi, występującymi głównie w rynnach jeziornych. Motyl ten nie jest gatunkiem szczególnie rzadkim w północnej Polsce, lecz bytująca tu duża jego populacja zasługuje na uwagę.
Obszar „Mszar Płociczno” zatwierdzony został w marcu 2013 roku. Zajmuje powierzchnię 181,81 ha. Obejmuje on torfowisko mszarne o charakterze kształtującego się, ubogiego gatunkowo torfowiska wysokiego i przejściowego. Mszar tworzy około 70-centymetrowy pokład torfu na ponad 6-metrowych osadach gytii wapiennej. W części zachodniej torfowiska dominują zbiorowiska Ledo-Sphagnetum oraz Vaccinio-Betuletum pubescentis z łanami Lycopodium annotinum, natomiast we wschodniej – podmokłe mszary i mechowiska z Carex chordorrhiza, Helodium blandowii i Sphagnum warnstorfii. Łączna powierzchnia mszaru wynosi około 27 ha. W jego części południowej zachowało się zanikające jezioro eutroficzne. Wokół torfowiska rozciąga się kompleks leśny, w którym dominują bory sosnowe suche i świeże oraz bory mieszane. Na uwagę zasługuje występowanie tu 5 gatunków widłaków. W suchym borze rośnie bardzo rzadki w Polsce widlicz cyprysowy Diphasiastrum tristachyum, a w wilgotnym borze mieszanym – wroniec widlasty Huperzia selago. Pozostałe to: widłak jałowcowaty Lycopodium annotinum, widłak goździsty L. clavatum i widlicz spłaszczony Diphasiastrum complanatum. Ponadto rozproszone są stanowiska pomocnika baldaszkowego Chimaphila umbellata. Od strony południowo-wschodniej rozciągają się wilgotne łąki. Jest to największy kompleks naturalnie wykształconego torfowiska mszarnego na obszarze makroregionu Pojezierza Chełmińsko-Dobrzyńskiego. Rowy i potorfia spotyka się tylko na krańcach zachodnich i południowo-wschodnich, natomiast główna część torfowiska (ok. 25 ha) nie nosi śladów działalności gospodarczej człowieka.