Europejska Sieć Ekologiczna Natura 2000 to obszary o najcenniejszych walorach przyrodniczych i najbardziej reprezentatywnych dla naszego kontynentu ekosystemach, położonych w granicach Unii Europejskiej.
Celem utworzenie Natury 2000 jest zapewnienie różnorodności biologicznej tych obszarów, poprzez ochronę siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory. Docelowym efektem jest natomiast stworzenie systemu obszarów cennych przyrodniczo, połączonych korytarzem ekologicznym, tworzących razem spójną funkcjonalnie całość, która lepiej niż pojedyncze, odizolowane ekosystemy będzie opierać się niekorzystnym zmianom środowiska.
W skład Europejskiej Sieci Natura 2000 wchodzą dwa rodzaje obszarów powołanych niezależnie od siebie;
- Specjalne Obszary Ochrony Siedlisk – SOO - wyznaczane na podstawie tzw. „Dyrektywy Siedliskowej”, w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory. Obszary te powołane są w celu ochrony rzadkich i zagrożonych gatunków siedlisk i zwierząt z pominięciem ptaków.
- Obszary Specjalnej Ochrony Ptaków – OSO- wyznaczane na podstawie tzw. „Dyrektywy Ptasiej” w sprawie ochrony dzikich ptaków. Obszary te wyznaczane są z myślą o ochronie rzadkich oraz zagrożonych gatunków ptaków.
Obszary OSO i SOO są od siebie niezależne – w niektórych przypadkach ich granice mogą pokrywać się lub być identyczne.
Obszary Natura 2000 w granicach Gostynińsko-Włocławskiego Parku Krajobrazowego
Obszary Specjalne Ochrony Ptaków
Błota Rakutowskie PLB 040001 – pow. 4 437,93 ha – obszar obejmuje jezioro Rakutowskie wraz z przybrzeżnym pasem zalewowych łąk turzycowych oraz przylegający do nich wilgotny kompleks leśny, zajęty przez olsy i łęgi olszowo – jesionowe. Obszar zajmuje centralną część zatorfionej niecki Błot Rakutowskich i Błot Kłócieńskich. Samo jezioro jest dość płytkim zbiornikiem, o płaskich brzegach porośniętych szerokim na 100-150 m pasem szuwaru pałkowego, trzcinowego i oczeretowego. Niewielka głębokość jeziora i jego płaskie brzegi sprawiają, że w ciągu roku zmiany powierzchni lustra wody sięgają rzędu 60-70 ha, przy stosunkowo nieznacznych wahaniach pionowych. Jezioro posiada bogatą roślinność wodną, tak zanurzoną jak i pływającą, a znaczne powierzchnie dna zajęte są przez łąki ramienicowe. Wokół jeziora występują okresowo zalewane łąki turzycowe.Obszar stanowi ostoję ptasią o randze europejskiej. Stwierdzono tu 24 gatunki ptaków z załącznika I Dyrektywy Ptasiej oraz 21 gatunków ptaków migrujących wpisanych do tego załącznika. 7 spośród tych gatunków jest zagrożonych - znajduje się w Polskiej Czerwonej Księdze Zwierząt. W sezonie wiosennym w ostoi osiąga sukces rozrodczy co najmniej 1% krajowej populacji podróżniczka, gęgawy, śmieszki, sieweczki obrożnej. Dość licznie występują też błotniaki łąkowe, rybitwy czarne i dzięcioł średni. W czasie przelotów w ostoi obserwuje się duże koncentracje wędrownych ptaków wodno-błotnych, przekraczające 20 tys. osobników. Licznie zatrzymują się tu głowienki i gęgawy. Ostoja stanowi miejsce odpoczynku ponad 1% osobników należących do tych gatunków i migrujących tą trasą. Wysokie liczebności osiągają tu również przelotne cyraneczki, czernice, łyski, krwawodzioby, czajki i rybitwy czarne. Jesienią, na noclegowisko co wieczór zlatuje się do 3000 żurawi, żerujących za dnia na okolicznych polach i łąkach.
Żwirownia Skoki PLB 04005 – pow. 166,32 ha - obszar będący najmniejszym obszarem specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 w kraju, obejmuje teren dawnej żwirowni, położonej w pobliżu południowego brzegu Zbiornika Włocławskiego oraz tereny bezpośrednio do niej
przyległe. Omawiany teren został ukształtowany w wyniku wydobywania żwiru, a zasadniczą część obszaru stanowią wypełnione wodą doły wyrobiskowe. Na zbiornikach znajdują się liczne wysepki, stanowiące miejsce gniazdowania ptaków wodnych. W zachodniej części obszaru znajduje się czynna kopalnia kruszywa. Żwirownia Skoki jest lokalną ostoją ptaków wodno -błotnych. Jest to jedna z najważniejszych w Polsce ostoi lęgowych rybitwy rzecznej Sterna hirundo (122–210 parlęgowych, ok. 4% ogólnokrajowej populacji lęgowej), mewy śmieszki Larus ridibundus (3000–3600 par lęgowych, ok. 4% ogólnokrajowej populacji lęgowej) i skrajnie nielicznej w kraju mewy czarnogłowej Larus melanocephalus (do 8 par lęgowych,ok. 5% ogólnokrajowej populacji lęgowej).
Specjalne Obszary Ochrony Siedlisk
Uroczyska Łąckie PLH140021 - pow. 1 620,4 ha – obszar obejmujekompleks lasów, bagien i wód we wschodniej części GWPK i jego otuliny, w którym znajduje się 5 rezerwatów przyrody. Ważną osobliwością florystyczną jest reintrodukowane stanowisko aldrowandy pęcherzykowatej w jeziorze o nazwie Jeziorko. Stanowisko aldrowandy nie jest duże ale ma istotne znaczenie dla zachowania tego gatunku w Polsce W toni wodnej występują także różne gatunki roślin owadożernych. Obszar jest miejscem występowania cennych siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej: starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne, naturalne, dystroficzne zbiorniki wodne, torfowiska przejściowe i trzęsawiska, grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny, łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe oraz łęgowe lasy dębowo - wiązowo - jesionowe. Z gatunków wymienionych w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej stwierdzono tu występowanie płazów: traszki grzebieniastej i kumaka nizinnego a także wcześniej wspomnianej rośliny aldrowandy pęcherzykowej.
Błota Kłócieńskie PLH040031 – pow. 3 889,3 ha - obszar obejmuje tzw. Nieckę Kłócieńską i jest ograniczony od północy przez pola wydmowe a od południa przez wysoczyznę morenową. Niecka w większości wypełniona jest osadami organicznymi. Teren jest płaski i okresowo podmokły jednak znaczna jego część została w przeszłości zmeliorowana i jest użytkowana rolniczo. W centralnej części obszaru znajduje się unikatowe jezioro Rakutowskie, pochodzenia wytopiskowego. Wokół jeziora rozciągają się ekstensywnie użytkowane łąki i pastwiska, w tym znaczne powierzchnie łąk trzęślicowych z wieloma charakterystycznymi gatunkami: goździk pyszny, goryczka wąskolistna, goryczuszka gorzkawa, selernica żyłkowana, groszek błotny, storczyk kukawka i fiołek mokradłowy. Na południe od Jeziora Rakutowskiego rozciąga się kompleks leśny, gdzie utworzony został rezerwat "Olszyny Rakutowskie" (pow. 174,62 ha). Walory przyrodnicze obszaru Błota Kłócieńskie należy ocenić wysoko zarówno w skali regionalnej, jak i krajowej, ponieważ na tym obszarze występuje duża liczba cennych siedlisk przyrodniczych (zidentyfikowano ich 12 typów):
- wydmy śródlądowe z murawami napiaskowymi (Corynephorus, Agrostis)
- brzegi lub osuszane dna zbiorników wodnych ze zbiorowiskami z Littorelletea ( Isoëto-Nanojuncetea),
- twardowodne oligo- i mezotroficzne zbiorniki wodne z podwodnymi łąkami ramienic Charetea
- starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z Nympheion, Potamion
- zmiennowilgotne łąki trzęślicowe (Molinion)
- ziołorośla górskie (Adenostylion alliariae) i ziołorośla nadrzeczne (Convolvuletaliasepium)
- niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie (Arrhenatherion elatioris)
- torfowiska nakredowe (Cladietum marisci, Caricetum buxbaumii, Schoenetum nigricantis)
- górskie i nizinne torfowiska zasadowe o charakterze młak, turzycowisk i mechowisk
- grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny (Galio-Carpinetum, Tilio-Carpinetum)
- łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe (Salicetum albo-fragilis, Populetum albae, Alnenion glutinoso - incanae, olsy żródliskowe)
- łęgowe lasy dębowo - wiązowo – jesionowe (Ficario-Ulmetum).
Dolina Skrwy Lewej PLH140051 – pow. 129 ha - ostoja jest położona w Kotlinie Płockiej. Na ostoję składa się dno doliny śródleśnej rzeki Skrwy Lewej, otaczające ją stoki porośnięte lasami iglastymi i liściastymi z niewielkim obszarem pozadolinowym we fragmencie ujściowym oraz częściowo sztuczny zbiornik wodny. Prawie 81% terenu znajduje się w granicach Gostynińskiego Włocławskiego Parku Krajobrazowego. Pozostałe 19% ostoi leży w otulinie GWPK. Ostoja ma na celu ochronę zbiorowisk łęgowych w dolinie małej rzeki wraz z fragmentami zbiorowisk wilgotnych łąk. Wartość ostoi podkreśla stanowisko storczyka obuwika. Przedmiotami ochrony na obszarze są następujące siedliska przyrodnicze oraz gatunki:
- starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z Nympheion, Potamion,
- zmiennowilgotne łąki trzęślicowe (Molinion),
- ziołorośla górskie (Adenostylion alliariae) i ziołorośla nadrzeczne (Convolvuletalia sepium)
- grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny (Galio-Carpinetum, Tilio-Carpinetum),
- łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe (Salicetum albae, Populetum albae, Alnenion glutinoso-incanae, olsy źródliskowe),
- bóbr europejski Castor fiber,
- wydra Lutra lutra,
- obuwik pospolity Cypripedium calceolus.