Ważnym komponentem krajobrazu Krajeńskiego Parku Krajobrazowego są jeziora, które w zdecydowany sposób podnoszą jego walory przyrodnicze i turystyczne.

Jest ich ok. 100. Różna jest ich wielkość i geneza. W olbrzymiej większości są to wydłużonego kształtu jeziora rynnowe wyznaczające kierunek odpływu wód roztopowych spod lądolodu.

Największe to: Więcborskie (ok. 200 ha), Mochel (153 ha), Sępoleńskie (159 ha), Stryjewo (151 ha), Witosławskie (107 ha) i Lutowskie (156 ha).

Jeziora mniejsze, położone w rynnach, tworzą w kilku miejscach charakterystyczne wielokilometrowe ciągi. Najdłuższe to: ciąg „lutowsko-sępoleński” biegnący od Jeziora Mielec na zachodzie gminy Sępólno Krajeńskie do Jeziora Niechorz na wschodzie, ciąg „jezior sypniewskich” od Jeziora Diabli Kąt do Jeziora Stryjewo na południu gm. Więcbork, ciąg „czarmuńsko-witosławski” od Jeziora Głęboczek Mały k/Borzyszkowa w gminie Więcbork do Jeziora Witosławskiego w gm. Mrocza.

Wśród jezior małych i nie powiązanych w zespoły czy ciągi rynnowe, lecz występujących pojedyńczo, są jeziora wytopiskowe, które powstały w zagłębieniach po stopnieniu brył martwego lodu lodowcowego. Jest ich w parku bardzo dużo i występują w różnych jego miejscach m.in. w leśnych zaciszach czy wśród pól i łąk.

Liczne są też bagna oraz obszary wodnobłotne i okresowo podmokłe. Wśród nich są to najczęściej tereny zarośniętych lub zarastających jezior, gdzie znajdują się ciekawe zbiorowiska roślinności bagiennej. Stanowią one siedliska wielu chronionych roślin i ostoje ptactwa. Największe torfowisko w województwie kujawsko - pomorskim po dawnym jeziorze z unikatową roślinnością, rozprzestrzeniające się w granicach gmin Więcbork i Sępólno Krajeńskie, podlega ochronie. Jest to Zespół Przyrodniczo-Krajobrazowy „Torfowisko Messy“ o powierzchni ponad 634 ha.

SIEĆ RZECZNA

Sieć rzeczna parku jest bardzo bogata, na jego obszarze mieści się aż 11 rzek. Są one łącznikami jezior położonych w rynnach, rzadko tworząc odcinki własnych dolin.

Do większych cieków przepływających przez Krajeński Park Krajobrazowy należą: Kamionka, Sępolenka, Wytrych i Kicz, które są dopływami Brdy oraz Orla, Łobżonka, Rokitka uchodzące do Noteci.

Mamy tu więc do czynienia z obszarem wododziałowym, z którego wody powierzchniowe należą do dorzecza Wisły i dorzecza Odry. Wszystkie wyżej wymienione rzeki wraz z pozostałymi: Brzuchówką, Zgniłką, Lubczą i Jeleniem, wzbogacają krajobraz Parku, a w wielu miejscach są jego ozdobą.