fot. D. Sajbor
W Nadgoplańskim Parku Tysiąclecia występuje 120 zbiorowisk roślinnych, z czego 13 to zbiorowiska leśne, a 107 zbiorowiska nieleśne. Flora NPT liczy 865 gatunków roślin naczyniowych co stanowi około 50% całej flory naczyniowej Polski. Wskutek zabiegów melioracyjnych nastąpiło obniżenie poziomu wód gruntowych, co w konsekwencji doprowadziło do spadku liczby gatunków hydrofilnych- torfowiskowo bagiennych i łąkowych. Dodatkowo pojawiły się gatunki antropogeniczne związane z działalnością człowieka.
Roślinność wodna reprezentowana jest przede wszystkim przez wywłócznika oraz grążela żółtego, które spotykamy w zatokach i wokół wysp.
Roślinność nadbrzeżna jest na terenie parku bardzo pospolita, reprezentowana jest przez pas trzcin i oczeretów, w których dominuje trzcina pospolita oraz pałka wąskolistna obok tych dominujących roślin występuje oczeret, skrzyp bagienny i jeżogłówka gałęzista.
Roślinność łąk i pastwisk to przede wszystkim zespoły traw i turzyc. Dominującym typem łąk są łąki wilgotne i świeże, gdzie można spotkać storczyki, firletkę poszarpaną, jaskra ostrego, goździka pysznego, bodziszka łąkowego, złocienia właściwego, dzwonka rozpierzchłego i wiele innych gatunków.
Zbiorowiska leśne ograniczone są do nielicznych płatów. Największy kompleks leśny występuje w okolicach Lubstówka. Nad brzegami jezior obserwujemy łęgi jesionowo-olszowe, wierzbowo-topolowe, jesionowo-wiązowe.
Na terenie parku pewną osobliwością są rośliny kserotermiczne, czyli ciepłolubne występują na nasłonecznionych zboczach o wystawie południowej. W okolicach Mietlicy występuje ślazówka turyngska, w okolicach Kruszwicy, Gocanowa i Mietlicy rośnie czyściec wyprostowany, jak również dziewanna fioletowa.
W okolicach Gopła spotkać można również halofity, czyli rośliny słonolubne np. mlecznika nadmorskiego, muchotrzewa solniskowego oraz świbkę morską.
Na terenie parku odnotowano 11 gat. wymierających w Wielkopolsce i na Kujawach, 50 gat. zagrożonych wymarciem, 12 gat. rzadkich, 9 gat. częściowo chronionych w Polsce, 21 gat. objętych ochroną całkowitą w Polsce.
Gatunki o najwyższych walorach florystycznych stanowi grupa złożona z 158 gatunków. Gatunków najsilniej zagrożonych wymarciem na terenie NPT jest 99. Gatunków, które decydują o swoistości flory Nadgopla jest 103 gatunków specjalnej troski jest 57.
W NPT można spotkać cenną goryczkę wąskolistną, która objęta jest ścisła ochroną gatunkową. Goryczka jest rośliną kwitnąca od czerwca do września, a rozmnaża się poprzez kłącza, nasiona oraz wegetatywnie (z części macierzystej rośliny). Można ją spotkać na łąkach wilgotnych oraz podmokłych, gdzie może osiągnąć nawet 80 cm wysokości. Goryczka jest rośliną trującą, a ponadto jest rośliną żywicielską motyla modraszka alkona. Motyl ten składa jaja na kwiatostanie goryczki, a następnie larwa po kilku dniach żerowania na roślinie, schodzi na ziemię, aby zostać zabrana do gniazda mrówek z rodzaju Myrmica. Należy pamiętać, aby pod żadnym pozorem nie zrywać lub niszczyć tej cennej rośliny.
Teren Parku stanowi również siedlisko chronionych storczyków, to tutaj można spotkać kukułkę szerokolistną, czy kruszczyka szerokolistnego, a tuż na granicy województw (Kujawsko-pomorskiego z Wielkopolskim) kruszczyka błotnego i lipiennika Loesela.