Flora Nadgoplańskiego Parku Tysiąclecia liczy 865 gatunków roślin naczyniowych co stanowi około 50% całej flory naczyniowej Polski. Wskutek zabiegów melioracyjnych nastąpiło obniżenie poziomu wód gruntowych, co w konsekwencji doprowadziło do spadku liczby gatunków hydrofilnych- torfowiskowo bagiennych i łąkowych. Dodatkowo pojawiły się gatunki antropogeniczne związane z działalnością człowieka.
Roślinność wodna reprezentowana jest przede wszystkim przez wywłócznika, grążela białego oraz grzybienia białego, które spotykamy w zatokach i wokół wysp. Roślinność nadbrzeżna jest na terenie parku bardzo pospolita, reprezentowana jest przez pas trzcin i oczerertów, w których dominuje trzcina pospolita i pałka wąskolistna obok tych dominujących roślin występuje oczeret, skrzyp bagienny i jeżogłówka gałęzista.
Roślinność łąk i pastwisk to przede wszystkim zespoły traw i turzyc. Dominującym typem łąk są łąki wilgotne i świeże. Zbiorowiska leśne ograniczone są do nielicznych płatów. Największy kompleks leśny występuje w okolicach Lubstówka. Nad brzegami jezior obserwujemy łęgi jesionowo-olszowe, wierzbowo-topolowe, jesionowo- wiązowe.
Na terenie parku pewną osobliwością są rośliny kserotermiczne, czyli ciepłolubne występują na nasłonecznionych zboczach o wystawie południowej.
W okolicach Mietlicy występuje ślazówka turyngska, w okolicach Kruszwicy, Gocanowa i Mietlicy rośnie czyściec wyprostowany, jak również dziewanna fioletowa.
W okolicach Gopła spotkać można również halofity czyli rośliny słonolubne np. mlecznika nadmorskiego, muchotrzewa solniskowego oraz świbkę morską.
Na terenie parku odnotowano 11 gat. wymierających w Wielkopolsce i na Kujawach, 50 gat. zagrożonych wymarciem, 12 gat. rzadkich, 9 gat. częściowo chronionych w Polsce, 21 gat. objętych ochroną całkowitą w Polsce.
Gatunki o najwyższych walorach florystycznych stanowi grupa złożona z 158 gatunków. Gatunków najsilniej zagrożonych wymarciem na terenie NPT jest 99. Gatunków, które decydują o swoistości flory Nadgopla jest 103 gatunków specjalnej troski jest 57.