Głównym celem funkcjonowania Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000 jest zachowanie określonych typów siedlisk przyrodniczych i gatunków roślin i zwierząt, które uważa się za cenne (znaczące dla zachowania dziedzictwa przyrodniczego Europy) i zagrożone wyginięciem w skali całej Europy. Cel ten ma być realizowany poprzez wyznaczenie i objęcie ochroną obszarów, na których te gatunki i siedliska występują. Działania w zakresie ochrony siedlisk naturalnych oraz dzikiej flory i fauny mają służyć zachowaniu lub odtworzeniu różnorodności biologicznej Europy, co jest jednym z priorytetów działalności Unii Europejskiej. Dodatkowo państwa członkowskie zobowiązane są do podejmowania w razie potrzeby starań w celu zachowania ekologicznej spójności sieci Natura 2000, w celu utrzymania migracji, rozprzestrzeniania i wymiany genetycznej gatunków.
Idea sieci Natura 2000 zakłada zwiększenie skuteczności działań ochronnych poprzez stworzenie dodatkowego - kompletnego i metodycznie spójnego - systemu ochrony dziedzictwa przyrodniczego Europy, który nakłada się na już funkcjonujące systemy ochrony obszarowej i gatunkowej, stanowiąc ich uzupełnienie i zdecydowane wzmocnienie. Jest on światowym ewenementem w zakresie międzynarodowej obszarowej ochrony przyrody. Podstawą jego funkcjonowania są dwie unijne dyrektywy - Dyrektywa 2009/147/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 30 listopada 2009 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa (zwana dyrektywą ptasią) oraz Dyrektywa 92/43/EWG Rady z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory (zwana dyrektywą siedliskową). W myśl dyrektywy ptasiej oraz dyrektywy siedliskowej każdy kraj członkowski Unii Europejskiej ma obowiązek zapewnić siedliskom przyrodniczym i gatunkom roślin i zwierząt, o których mowa w tych dyrektywach, warunki sprzyjające ochronie lub zadbać o odtworzenie ich dobrego (właściwego) stanu, m.in. poprzez wyznaczenie obszarów specjalnej ochrony ptaków (OSO) oraz specjalnych obszarów ochrony siedlisk (SOO).
Właściwy stan gatunków objętych ochroną w ramach sieci Natura 2000 oznacza zachowanie takiej liczebności populacji, która gwarantuje utrzymanie jej w swoim siedlisku przez długi czas oraz zachowanie naturalnego zasięgu gatunku i niezbędnej powierzchni wymaganych przez niego siedlisk. Właściwy stan ochrony siedlisk objętych ochroną w ramach sieci Natura 2000 oznacza, że ich naturalny zasięg nie może ulec zmniejszeniu i zachowana musi zostać ich specyficzna struktura i funkcje oraz właściwy stan typowych dla nich gatunków.
Dyrektywa ptasia nakazuje państwom członkowskim podjęcie szczególnych działań ochronnych dla gatunków ptaków istotnych dla Europy. Jednym z obowiązków jest ustanowienie obszarów specjalnej ochrony ptaków (OSO), których przedmiotami ochrony są ptaki oraz ich siedliska. W ramach ptasich obszarów Natura 2000 chroni się gatunki ptaków zagrożonych wyginięciem (ujętych w Załączniku 1 dyrektywy ptasiej) jak również regularnie występujące gatunki ptaków wędrownych (również te niewymienione w Załączniku 1 dyrektywy ptasiej), które w czasie swych corocznych wędrówek odpoczywają lub zatrzymują się w krajach Unii Europejskiej. OSO wyznaczane są indywidualnie przez państwa członkowskie Unii Europejskiej zarówno w części kontynentalnej jak i na obszarach morskich. Komisja Europejska sprawdza czy krajowa sieć obszarów realizuje przyjęte przez dane państwo członkowskie kryteria wyboru obszaru oraz czy zapewnia ochronę wszystkich najbardziej odpowiednich terenów dla zachowania gatunków ptaków.
W dyrektywie siedliskowej natomiast jako cele ochrony wymienione zostały wymagające działań ochronnych typy siedlisk przyrodniczych o znaczeniu dla całej Unii Europejskiej (naturalne oraz półnaturalne tereny lądowe i wodne wyróżniające się specyficznymi czynnikami geograficznymi, fizycznymi cechami środowiska i określonymi zbiorowiskami roślinnymi) oraz wybrane cenne gatunki roślin i zwierząt (poza ptakami). Miejsca ich ochrony wyznacza się jako specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO). W przypadku SOO, każde państwo członkowskie opracowuje i przedstawia Komisji Europejskiej listę leżących na jego terytorium obszarów kwalifikujących pod względem przyrodniczym, odpowiadających gatunkowo i siedliskowo wymogom zawartym w dyrektywie siedliskowej. Po przedłożeniu listy obszary są wartościowane i selekcjonowane. Kluczowym elementem tej procedury jest seminarium biogeograficzne, podczas którego ocenia się kompletność sieci dla każdego z gatunków i siedlisk. Następnie Komisja Europejska zatwierdza te obszary w drodze decyzji jako „obszary mające znaczenie dla Wspólnoty” - OZW(Site of Community Importance - SCI). Od tego momentu nabierają one statusu obszarów Natura 2000 i podlegają ochronie w ramach prawa wspólnotowego. Po wyznaczeniu ich odpowiednim aktem prawa krajowego przyjmują nazwę specjalnych obszarów ochrony siedlisk (SOO).
Obecnie w Polsce sieć Natura 2000 zajmuje prawie 1/5 powierzchni lądowej kraju. W jej skład wchodzi: 849 obszarów siedliskowych oraz 145 obszarów ptasich.
Na terenie Tucholskiego Parku Krajobrazowego znajdują się następujące obszary NATURA 2000:
Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków (OSO)
Bory Tucholskie
Powierzchnia - 322 535,9 ha
Położenie administracyjne - woj. kujawsko-pomorskie, woj. pomorskie
Kod obszaru - PLB220009
Obszar Borów Tucholskich obejmuje wschodnią część makroregionu Pojezierza Południowopomorskiego. W jego skład wchodzą następujące mezoregiony: Bory Tucholskie, wschodnia część Równiny Charzykowskiej, północno-wschodnia część Pojezierza Krajeńskiego, północna część Doliny Brdy oraz północna część Wysoczyzny Świeckiej. Obszar jest dość jednolitą równiną sandrową rozciętą dolinami Brdy i Wdy oraz urozmaiconą licznymi jeziorami, oczkami wodnymi i wzniesieniami o charakterze moreny dennej. Dominują tu siedliska leśne - przede wszystkim bory sosnowe. Jest to typowy obszar młodoglacjalny obejmujący w większości jałowe piaski.
Rzeźba terenu ostoi jest urozmaicona. Występują tu wysoczyzny i rozległe wzórza, liczne pagórki oraz doliny i rynny. Sieć wodna jest silnie rozwinięta (wody zajmują ok. 14% powierzchni). Ostoję odwadnia rzeka Brda wraz ze swymi licznymi dopływami, z których najważniejszym jest Zbrzyca. Wiele rzek charakteryzuje duży spadek i silny prąd. Wśród jezior liczne są jeziora przepływowe połączone z systemem wodnym Brdy. Sporo jest jezior oligotroficznych i mezotroficznych, nieliczne są eutroficzne, a torfowiskom towarzyszą dystroficzne. W sumie w strefie Borów Tucholskich jest około 60 jezior. Największe z nich jest Jezioro Charzykowskie - 1363 ha, zaś najgłębsze Ostrowite - 43 m. Lasy (ok. 70% obszaru) to głównie bory świeże, ale także bagienne i suche. Występują też grądy, lasy bukowo-dębowe, łęgi i olsy. Liczne są także torfowiska. Grunty orne, łąki i pastwiska pokrywają około 15% terenu.
Przedmiot ochrony: co najmniej 28 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, w tym 7 gatunków spełnia kryteria ostoi IBA, obecnych jest 6 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi. Jedna z najważniejszych w kraju ostoi kani rudej i czarnej oraz puchacza, licznie gniazduje zimorodek, żuraw i bielik, najważniejsze w kraju lęgowisko szlachara, jedno z ważniejszych lęgowisk nurogęsia i gągoła. W okresie wędrówek znaczne koncentracje żurawia. Ważne miejsce zimowania łabędzia krzykliwego. Występują tu również m. in.: perkoz dwuczuby, bąk, łabędź niemy, rybitwa rzeczna, rybitwa białowąsa, derkacz, kropiatka, trzmielojad, muchołówka mała, gąsiorek, bocian czarny. Gniazduje 107 gatunków ptaków, głównie związanych z siedliskami zbiorników wodnych, terenów podmokłych, łąk, zwartych kompleksów leśnych.
Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk (SOO)
Dolina Brdy i Stążki w Borach Tucholskich
Powierzchnia - 3 948,4 ha
Położenie administracyjne - woj. kujawsko-pomorskie
Kod obszaru - PLH040023
Ostoja jest fragmentem Borów Tucholskich, na których występują dwie główne formy rzeźby terenu: sandry i rynny lodowcowe. Na powierzchni sandru wykształciła się dolina – koryto rzeki Brdy wraz z jej dopływami, które wcinając się w sandr, stworzyły system teras - odcinki przełomowe o założeniu rynnowym oraz z reguły strome, wysokie zbocza. Osią hydrograficzną obszaru jest rzeka Brda, której dolina jest zróżnicowana morfologicznie. Skupienia głazów narzutowych i szybki nurt nadaje rzece górski charakter. Natomiast na odcinku ze znacznie mniejszym spadkiem powszechne jest występowanie starorzeczy z reguły podmokłych lub wypełnionych wodą. W krajobrazie dominują sztuczne nasadzenia sosny, ale w niektórych odcinkach dolin rzecznych zachował się naturalny układ roślinności - grądy zboczowe, olsy i łęgi. Dużą rolę w krajobrazie pełnią też torfowiska wysokie, niskie i przejściowe, chronione na ogół w rezerwatach.
Przedmiot ochrony:
Bóbr europejski, wydra europejska, traszka grzebieniasta, minóg strumieniowy, boleń, głowacz białopłetwy, sasanka otwarta, lipiennik loesela.