Z listy siedlisk chronionych, ogłoszonej przez Ministra Środowiska RP w 2000 roku, stwierdzono występowanie 38 typów. Szczególnie częstymi są lasy, ekosystemy wodne, torfowiska, łąki, wrzosowiska i wydmy. Ponadto na obszarze Rezerwatu Biosfery Bory Tucholskie występuje 30 siedlisk, które wymagają ochrony według Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej Wspólnoty Europejskiej. Spośród nich do najczęstszych należą: wydmy śródlądowe z murawami szczotlichowymi, jeziora lobeliowe, śródlądowe murawy napiaskowe, suche wrzosowiska, torfowiska wysokie, torfowiska przejściowe, torfowiska nakredowe z Cladium mariscus, kwaśne buczyny i żyzne buczyny, subatlantycki las nizinny, grąd środkowoeuropejski, dąbrowy acidofilne, brzezina bagienna, sosnowy bór bagienny.
Ochrona różnorodności biologicznej
Na obszarze projektowanego Rezerwatu Biosfery występuje około 1070 rodzimych gatunków roślin naczyniowych. W tej liczbie jest 11 gatunków wymienianych w Załącznikach Dyrektywy Siedliskowej Wspólnoty Europejskiej (lista Natura 2000). Łącznie z gatunków figurujących na listach Natura 2000, Corine, gatunków objętych w Polsce ochroną ścisłą i częściową oraz znajdujących się w Czerwonej Księdze Roślin Zagrożonych (ogólnopolskiej i lokalnej) jest 517 taksonów roślin naczyniowych, czyli prawie 48,3% flory regionu Borów Tucholskich. Flora porostów liczy około 350 gatunków. Z tego na wymienionej powyżej liście zbiorczej występują 143 gatunki, tj. 36,3%. Z listy Natura 2000 występuje 6 gatunków i rodzajów porostów, w tym licznie tu reprezentowany rodzaj Cladina. Z listy chronionych w Polsce gatunków glonów i wątrobowców dotychczas stwierdzono występowanie w Borach Tucholskich odpowiednio 10 i 9 gatunków. Lista mchów obejmuje 69 gatunków, w tym 35 z listy Natura 2000.
Ponadto we florze porostów, mchów, wątrobowców i roślin naczyniowych Rezerwatu Biosfery występuje tu szereg gatunków górskich, natomiast lista reliktów glacjalnych wśród roślin naczyniowych obejmuje 15 gatunków.
Fauna kręgowców Vertebrata obejmuje 212 gatunków. Z tej liczby na listach: Natura 2000, Corine, liście gatunków objętych w Polsce ochroną ścisłą i częściową oraz gatunków wymienianych w Polskiej Czerwonej Księdze Zwierząt jest 188 taksonów, czyli 88,7% fauny kręgowców regionu.
