Na obszarze TPK występuje 56 jezior o powierzchni powyżej 1 ha. Zajmują one łącznie 1 461,1 ha, co stanowi 2,76% powierzchni całego terenu. Większość z nich to małe jeziora wytopiskowe powstałe wskutek stopienia brył martwego lodu. Największe ich skupiska znajdują się na południe od Czerska, wzdłuż Brdy na północ od Tucholi oraz na południowym skraju TPK. Znacznie mniej jest jezior rynnowych o powierzchni kilkudziesięciu hektarów, a nawet 100 ha. Taką powierzchnię mają np.: Jezioro Okonińskie, Jezioro Wielkie Cekcyńskie, jezioro Śpierewnik czy Stobno.
Szlaki rynnowe wykorzystuje też główna oś wodna Tucholskiego Parku Krajobrazowego – rzeka Brda i Czerska Struga. W związku ze znacznym nachyleniem terenu w kierunku południowym, rzeki i strugi TPK odprowadzają wody w kierunku Pradoliny Toruńsko-Eberswaldzkiej. Brda wpływa w granice parku krajobrazowego w miejscowości Rytel, kierując się na południe. Po przekroczeniu 49 kilometra opuszcza obszar chroniony w Pile-Młynie i zmierza do Zalewu Koronowskiego. Od 1994 r. dolina rzeki wraz z otulającymi ją lasami na odcinku Woziwoda - Piła-Młyn podlega ochronie rezerwatowej. Przykładem hydrologicznym na to, że przyroda to nierozerwalna, zawsze aktywna całość, niestawiająca umownych granic, jest fakt, że północno-wschodni fragment powierzchni parku odwadniany jest przez dopływy sąsiadującej Wdy, tj. Prusinę i Niechwaszcz. Brda charakteryzuje się krętym biegiem, tworzy liczne zakola – meandry, szczególnie liczne w okolicy ujścia Bielskiej Strugi. Koło miejscowości Świt, zarówno na brzegu Brdy, jak i w jej nurcie, występuje szczególnie duże nagromadzenie głazów, pochodzących z rozmytej przez wody sandrowe gliny morenowej. Naturalny krajobraz parku uległ przeobrażeniom wskutek działalności człowieka. Znaczącym tego przykładem jest budowa w I poł. XIX w. Wielkiego Kanału Brdy oraz całego systemu rowów nawadniających. Powstanie tego systemu nawadniającego nie tylko wymusiło ewolucję powierzchniowej sieci hydrograficznej, lecz spowodowało także zmiany w reżimie odpływów zarówno Bielskiej Strugi, jak i Brdy.