Rezerwat przyrody Reptowo
Przecinająca wysoczyzny pojezierne Dolina Dolnej Wisły wyróżnia się swoistą szatą roślinną. Z dotychczasowych badań wynika, że na terenie ZPKCiN flora roślin naczyniowych (kwiatowych i paprotników) jest bardziej zróżnicowana niż na terenach przyległych i liczy około 1000 gatunków.
Na obszarze ZPKCiN stwierdzono występowanie 67 gatunków roślin pod całkowitą ochroną i 14 pod częściową. Większość roślin chronionych to jednocześnie gatunki zagrożone wyginięciem, zamieszczone w "Czerwonej Księdze". Wśród dominujących gatunków pospolitych spotyka się szereg osobliwości florystycznych m.in. azotolubne komosy (Chenopodium), rdesty (Polygonum) i łobody (Atriplex), które rosną na płaskich odcinkach dna doliny Wisły zbudowanych z aluwiów rzecznych. Na wynurzających się latem piaszczystych wyspach, ławicach rosną gatunki roślin niespotykane na innych terenach: komosa klonolistna (Chenopodium acerifolium), szczaw ukraiński (Rumex ucranicus), rdest Brittingera (Polygonum brittingeri), namulnik brzegowy (Limosella aquatica) czy niedawno przybyła z dorzecza Dniepru miłka orzęsiona (Eragrostis pilosa).
Na dnie samej rzeki flora jest uboga, natomiast starorzecza cechują się bogactwem roślin wodnych oraz szuwarowych. Rosną tu grzybienie (Nymphaea), grążele (Nuphar lutea), rdestnice (Potamogeton) i paproć dna salwinia (Salvinia natans), na brzegach występuje żabieniec lancetowaty i trawiasty (Alisma lanceolatum i A. gramineum) a na skraju wilgotnych zarośli m. in. przy rezerwacie na Ostrowiu Panieńskim ma swoje stanowisko ginący fiołek wyniosły (Viola elatior).
Osobliwościami otwartych lub słabo zalesionych zwydmień są rzadkie gatunki psamofilne jak np. turzyce (Carex repens, C. arenaria, C. ligerica), turówka rozłogowa (Hierochloe repens = H. odorata ssp. repens), kostrzewa poleska (Festuca polesica), rojnik pospolity (Jovibarba sobolifera = Sempervivum soboliferum) czy występująca obficie koło miejscowości Bruki sasanka łąkowa (Pulsatilla pratensis). Odrębnymi gatunkami są zdziczałe i zadomowione od XIX wieku trawy nadmorskie sadzone dla ustabilizowania piasków, wydm - wydmuchrzyca piaskowa (Elymus arenarius = Elymus a.) i piaskownica zwyczajna (Ammophila arenaria). Występująca na tym terenie turzyca poznańska (Carex repens Bell. = C. posnanensis Sprib.) umieszczona została w Polskiej Czerwonej Księdze Roślin i na Czerwonej Liście Roślin Naczyniowych zagrożonych w Polsce. W Dolinie Dolnej Wisły na piaszczystym podłożu rośnie turzyca piaskowa (Carex arenaria) będącą pod częściową ochroną oraz znacznie rzadsza turzyca loarska (Carex ligerica) - gatunek umieszczony na Czerwonej Liście.
Dolina Dolnej Wisły jest znanym od dawna skupieniem roślinności kserotermicznej, która najczęściej występuje na stromych, niezarośniętych lasem zboczach, często o wystawie południowej. Część rosnących tam gatunków przetrwała od końca ostatniego zlodowacenia, z czasów panowania lasów tundry i "zimnego stepu", inne przywędrowały w okresie optimum klimatycznego z obszarów stepowych, niektóre pojawiają się nawet współcześnie zawlekane np. z materiałem siewnym, wędrują wzdłuż szlaków komunikacyjnych lub dziczeją z uprawy jak np. len austriacki (Linum austriacum) i szałwia gajowa (Salvia dumetorum) koło Kozielca. Roślinność stepowa i związana z nią roślinność ciepłolubnych okrajków oraz zarośli, chroniona jest w rezerwatach (Zbocza Płutowskie, Góra Świętego Wawrzyńca, Ostnicowe Parowy Gruczna). Jest to tylko ułamek ochrony stanowisk tej grupy zbiorowisk, będących osobliwością regionu. Najbardziej znane i chronione gatunki stepowe występujące na terenie ZPKChiN to: ostnica włosowata (Stipa capillata) i ostnica Jana (S. joannis), miłek wiosenny (Adonis vernalis), wężymord stepowy (Socrzonera purpurea), goryczka krzyżowa (Gentiana cruciata), ostrołódka kosmata (Oxytropis pilosa), zawilec wielkokwiatowy (Anemone sylvestris) i sasanki (Pulsatilla sp.).
Lasy pokrywają stosunkowo niewielką część, ponadto są rozmieszczone nierównomiernie. Spotyka się je głównie na wysoczyźnie i rzecznych terasach (bory) oraz na zboczach doliny Wisły (grądy i bory mieszane). Największe kompleksy leśne znajdują się na terenie gminy Dąbrowa Chełmińska, Chełmno, Świecie i Dragacz. Stanowiska roślin grądowych występują szczególnie między Chełmnem a Wielkimi Łunawami. Spory kompleks leśny ciągnący się wzdłuż krawędzi doliny Wisły w Dolinie Fordońskiej tworzą głównie bory sosnowe i mieszane o drzewostanie silnie przekształconym przez człowieka. Jednak przy źródliskach i wzdłuż drobnych cieków, szczególnie koło Wabcza i Wielkich Łunaw, występują zbiorowiska lasów liściastych ze stanowiskami rzadkich, często chronionych gatunków roślin: czosnku niedźwiedziego (Allium ursinum), śnieżyczki przebiśnieg (Galanthus nivalis), lilii złotogłów (Lilium martagon), zdrojówki (Isopyrum thalctroides), sasanki otwartej (Pulsatilla patens) i łąkowej (P. pratensis) oraz orlika pospolitego (Aquilegia vulgaris). Ciekawe są fragmenty lasów na zboczach między Myślęcinkiem a Fordonem i na północ do Strzelec Dolnych oraz koło Ostromecka, gdzie łęgi nadwiślańskie chroni się w rezerwacie "Wielka Kępa Ostromecka", a lasy na zboczach w "Lesie Mariańskim". Wiele ciekawych fragmentów znajduje się w dolinie Mątawy i wśród borów północno-zachodniej części ZPKCiN. Godne uwagi są fragmenty lasów w kompleksie z zaroślami na zboczach na północ od Nowego gdzie leży fragment rezerwatu "Wiosło Duże".
Stanowisko łęgu wiązowo-jesionowego i grądu na zboczu doliny Wisły występuje w jarze poniżej rezerwatu "Góra Świętego Wawrzyńca" koło Chełmna. Strome, gliniaste zbocza porastają różnowiekowe lasy liściaste; w niektórych miejscach zachowały się dobrze wykształcone płaty łęgu ze starymi wiązami górskimi (Ulmus glabra = U. scabra), z udziałem kaliny koralowej (Viburnum opulus), kopytnika (Asarum europaeum), niecierpka pospolitego (Impatiens noli-tangere), gwiazdnicy gajowej (Stellaria nemorum), kokoryczy pełnej (Corydalis solida) i innych. W dolnej części zboczy nad Jeziorem Starogrodzkim można znaleźć fragmenty łęgu wierzbowo-topolowego, w górnej zaś grądu.